豐臣秀吉雖然身材矮小，發起怒來蹦跳着好像一隻暴怒的猴子，但是在座的無數身材高大的人都爲他的聲勢所震懾，秀吉一眼就看到小西行長歪倒在桌子下，頓時心中雪亮，氣呼呼走過去抓住他的衣領提起來，厲聲道：“彌九郎，難道不是你一直負責辦理議和事務嗎？出了這樣的錯誤到底是怎麼回事，你總要給我一個解釋吧！”
小西行長昏頭脹腦地坐起來，饒是他精明過人，這時也說不出話了；還是和他同屬近江派系的大臣石田三成反應敏捷，忙過來攙住秀吉，道：“主公，不要動怒，讓我來問他好了。”毛利輝元也過來勸解。
石田深得秀吉信任，又自感發怒後身體虛弱，便恨恨鬆開了手，在毛利輝元的扶持下回到座位上去。
“行長，你沒事吧？”石田三成低聲問道。小西行長這時醒過神來，苦笑着道：“三成兄，我這樣做完全是爲了拯救在朝鮮做無謂犧牲的將士們，這回你可要救我。”
“沒問題，請你把責任推到下屬身上好了。”石田三成微微點了下頭，轉而大聲道，“攝津守大人，爲什麼明國詔書裏說的和你一開始彙報的情況不一樣呢？以至於主公動怒，請你如實說來吧！”
“是這個樣子的啊，”小西行長喘了口氣，道，“完全是語言上的誤會，我聽家臣內藤如安回來說，明國封太閣大人做國王，當時大家都認爲要把明國或是朝鮮的一塊土地獻給太閣大人管轄，所以非常的高興，這和咱們條款中要求的割取朝鮮四道給我國並不衝突。實際辦理此事的是內藤如安這小子，是他去的北京和明國皇帝大臣協商的，誰想實際上並不是像他說的這樣，事已至此，現在我也非常痛悔，請主公處罰我吧！啊，主公，你殺了我吧！或是允許我自殺，只有這樣才能贖去我用人不當的罪過！”
聽小西行長痛哭流涕的講訴，秀吉的怒氣漸漸平息了些，畢竟是自己的親信大臣，真要下令殺死他，倒也不是一件說做就做的事，便道：“快叫那個什麼如安來，我要當面問他！”
石田三成忙上前說：“這件事交給我辦吧！請主公放心，我一定儘快把他抓來問個明白！”秀吉點了點頭，又側眼望向目瞪口呆的明朝二使，恨恨道：“你們明國如此無禮，竟敢用這種方式來嘲笑我，是這樣的嗎？”
楊方亨不知他說的什麼，拿眼去瞅沈惟敬，沈惟敬聽得明白，連忙跪下道：“太閣大人息怒，完全不是這樣的！我國皇帝對大人非常的尊重，這次冊封您爲日本國王，完全是因爲不瞭解貴國情況所產生的誤會，我二人只是傳遞詔書，其他的一概不知。兩國交往，是雙方首腦的事，這個這個……不應該責怪無辜使者的。”
見他言語卑微，態度惶恐，秀吉受損的自尊心得到了一些補償，但仍氣憤難平，道：“今天真應該殺了你們的頭，念在爾等言語恭謹的份上，就饒了你們。且需借你二人之口回去傳話給你國皇帝，告訴他，請他好好考慮，如果不滿足我提的條件，我將再次兵發朝鮮，殺個血流成河，聽明白了嗎？”
“大人說得對，大人聖明！”沈惟敬如搗蒜般不住磕頭稱是。“給我滾出去！”秀吉大聲咆哮着，明朝二使者連滾帶爬地逃出接見所。那邊石田三成吩咐親信武士去小西行長府中捉拿內藤如安，暗暗做了個砍頭的手勢，武士心領神會，握了握刀把出去了。
這時五大老、五奉行圍在豐臣秀吉面前不斷地勸慰，紛紛替小西行長求情，豐臣秀吉鬧了這一回，精力大損，眼神漸漸迷亂，無力地揮下手道：“都下去吧，我今天累了，有事明天再說。”衆人連忙稱是，退了出來。
小西行長感激地向衆人稱謝，德川家康笑道：“行長君，其實主公只不過一時動怒，像行長君這樣的良臣主公怎麼捨得真的降罪呢？我們不過適逢其會，做個好人兒罷了，不要太客氣呀！”
“哪裏哪裏，我小西今日得保首級，全虧了大家幫忙呀。”寒暄一陣各自散去，石田三成悄聲對他道：“我已經派人去取內藤如安的首級了，到時候就說他畏罪拒捕被殺，這樣一來，就算主公心疑，多少也算有個解脫的口實，你看可好？”
“治部少輔公，真是給你添麻煩了！不過內藤是我的心腹人，最好能找個影武者代替他去死，這事全拜託你啦！”
“哪裏的話，都是自己人，以後還有交往的時候呢，你快回府看看，不要出了什麼差錯纔好。”
“是！”小西行長告別了石田，急忙上馬帶着隨從往自己府中趕去。
沈惟敬和楊方亨離了接見所返回驛館，好半天才歇過來，“沈先生，你不是說萬丈水涓無滴漏嗎，出了這麼大的亂子，這可怎麼辦啊？”
“不要怕，開弓沒有回頭箭，只要你我統一口徑，就說冊封大典非常圓滿，難道朝廷遠隔千里，還能知曉真相麼？平秀吉的回書，我自會找小西行長去僞造一份，關鍵就看楊大人能否和惟敬同舟共濟了。”沈惟敬咬牙道。楊方亨忙道：“那是自然，一切全靠沈先生運籌。”二人苦心商討對策，一夜未眠。
冊封大典以鬧劇終結，但事情遠沒有結束，接到明使的書信後，朝鮮方面不情願地派出了賀使，但並非如日方想像的重臣王子，只是兩名官銜爲州判的低級官吏，帶的賀禮也是些粗布土產。秀吉聞報更加惱怒，面也不見，當即命人將朝鮮使節轟出大阪，而且下定了要繼續征討朝鮮的決心。
沈惟敬弄巧成拙，原以爲日人頭腦簡單，只要秀吉接受了冊封，他便可以交差，至於以後是兇是吉他都不管；不料“魔術表演”失敗，沒有能完成東封使命，只有再回過頭來，騙自己人了。
秀吉驅逐朝鮮使節讓他靈感突發，深思之後，寫了一封摺子，內中道：“平秀吉接受冊封，習華音，三呼萬歲，表示修好睦鄰，但恐朝鮮不釋前嫌，故尚未撤軍，一時未具謝表。”並添油加醋地說豐臣秀吉如何對朝鮮沒派高級官員來祝賀受封表示不滿，暗示若議和有變，完全是日本和朝鮮之間有隙，和己無關。
過了兩天，又到大阪街上買了許多日本土特產，僞稱是豐臣秀吉回贈明朝的禮物，讓隨行人員拿了這封摺子並禮物先行回國覆命。楊方亨雖非君子，但畢竟是正統的朝廷官員，哪玩過這種把戲，看沈惟敬大刀闊斧地辦理這一切，唬得他如醉如癡，不敢發一聲。
沈惟敬哪管這些，又徑直去找小西行長，要他幫忙弄一份豐臣秀吉接受冊封的表文，小西行長驚魂未定，不敢答應；沈惟敬大怒，威脅要去太閣那裏告發他，小西行長無奈，只得應允等事情平息一兩個月後再設想盜取官印替他做假表文，方哄得沈惟敬滿意而歸。
12月，小西行長將一封僞造的回書表文送來，沈惟敬心知肚明，知道回京師必然將被治罪，於是讓楊方亨先回，自己留朝鮮以“督促日本退兵”。
楊方亨於萬曆二十五年（1597年）二月回京，呈上沈惟敬買自日本的方物作爲貢禮，並獻上假造豐臣秀吉的謝恩表一道。
大明禮部官員對照上次小西飛來京時的表文，在驗證豐臣秀吉的謝表時，發現印章是假的；加之得到朝鮮情報，倭將加藤清正已經奉命赴朝鮮整治軍隊，無數戰船往來對馬與釜山一線運送軍力糧草，知道豐臣秀吉受封一事有詐。經過嚴厲追問，楊方亨吐露真情，將過錯全部推到沈惟敬身上，並交出石星手書，書中有“如事辦妥，薦（沈惟敬）爲督撫”的話，神宗大怒，立刻逮捕兵部尚書石星下獄，並下旨派錦衣衛赴朝鮮追捕沈惟敬。
就在沈惟敬想着怎樣瞞哄朝廷交差的同時，豐臣秀吉在2月22日發佈了全國總動員令，各軍團自肥前名護屋第二次出陣朝鮮，日本史稱“慶長之役”，朝鮮稱之爲丁酉再亂。
具體兵力如下：第一軍團加藤清正10000人，第二軍團小西行長14700人，第三軍團黑田長政10000人，第四軍團鍋島直茂12000人，第五軍團島津義弘10000人，第六軍團加藤嘉明13200人，第七軍團蜂須賀家政11100人，第八軍團毛利秀元30000人，宇喜多秀家10000人，另外侵朝各據點原有兵力爲：釜山浦城小早川秀秋10390人，安骨浦城立花宗茂5000人，加德城高橋直次1000人，竹島城小早川秀包1000人，西生浦城淺野幸長3000人，共計141390人。
日軍作戰的第一階段目標爲佔領全羅、忠清二道，沿海築城，鞏固陣地，相機與明軍決戰，再行北進。從這一部署和作戰目的來看，豐臣秀吉對第二次侵朝戰爭無必勝信心，缺乏第一次侵朝戰爭（所謂“文祿之役”）時的雄心壯志，參戰的各大名因“文祿之役”損失過大，又無從補償，頗爲厭戰，這次侵朝以前次俘獲王子而又未受到多大損失的加藤清正最爲積極，而主和的小西長行則不甚積極，小西行長手下人多次向朝鮮透露欲入侵的情況。
在中朝方面，萬曆二十二年（1594年）七月以後，明軍主力已撤離朝鮮回國。朝鮮爲加強國防力量，聘請了明軍教官訓練朝鮮軍隊，同時朝鮮大臣柳成龍按戚繼光的《紀效新書》，打算自行練兵。
但是朝鮮國王李昖滿足現狀，根本不理柳成龍要求撥款購買明軍火器、增加軍餉的要求，而是把精力、財力都用在了重修王京宮殿上，大臣們則再次陷入黨爭，繼士林派分裂爲東人黨和西人黨後，兩黨又各自分裂爲南人派和北人派、老論派和少論派。各黨派在政治內耗中鬥得是“其樂無窮”，最後連包括李舜臣在內的很多優秀將領都稀裏糊塗地成了黨爭犧牲品，不是下獄就是罷官。和議近3年，朝鮮就這樣白白地虛度時光，坐待戰火重燃。
冊封破裂之後，萬曆帝朱詡鈞和豐秀臣吉的感覺一樣，都認爲受到了嘲弄，大怒之下決定誓死保衛朝鮮。既然倭人不識好歹，那就開戰好了，這回不光是爲了友邦，更是爲了捍衛大明國的威嚴。
在他的嚴厲督促下，明朝龐大的官僚機構以少有的高效率再次組成了戰時內閣，因爲李如松正在遼東和土蠻作戰（蒙古察哈爾部），改派麻貴爲備倭大將軍，僉都御史楊鎬爲經略，再以新任兵部尚書邢玠轉任總督，統御全局，賜尚方寶劍。
麻貴是武將出生，在大同守邊，有着豐富的作戰經驗。楊鎬卻是文人，萬曆八年的進士，在朝中有很多知交。雖然他也從過軍，偕同大帥董一元，在雪夜裏度墨山，襲擊過蒙古，獲了勝仗，但他絕不是能衝鋒陷陣的勇將。這次他奉命徵倭，在官階上除了邢玠而外，以他最高，成爲前線的總指揮。
這次明朝下定決心要打一場大仗，擬集中步騎兵14萬人入朝作戰，是第一次援朝兵力的4倍。
由於沒有意識到日本宣戰的突然性以及平定播州的戰事正急，從南方抽調部隊需要一定的時間，在5月之前，這14萬人基本還停留在兵部的名冊上，而在朝鮮境內，明軍只有近5000人駐防。
6月，日軍駐留在釜山的主力襲擊朝鮮部隊，殺死朝方郡守安國弘，大戰一觸即發。朝鮮國王李昖一邊收拾財寶準備逃跑，一邊輕車熟路地派人嚮明朝告急。到了6月底，明軍援朝先頭部隊楊元、吳惟忠、陳愚衷軍先後到達忠清、全羅道。楊元率軍3000駐南原(屬全羅道)，陳愚衷率軍2000駐全州(屬全羅道)，吳惟忠率軍4000駐忠州(屬忠清道)，總兵麻貴坐鎮王京，明軍的到來給朝鮮君臣喫了一顆定心丸，日軍忙又退回釜山。
中日朝三方劍拔弩張，沈惟敬也像熱鍋上的螞蟻，雖然他並不知道石星下獄的消息，但從朝鮮的緊張形勢中也嗅出了一絲危險的味道；但是過了個把月見沒什麼動靜，又轉而寬慰自己，不管怎麼說，我現在還是大明的遊擊將軍嘛，若是冊封一事瞞過最好，就算不濟，也可東渡日本，不愁無安身之地！嗯，俗話說，豐年需得望荒年，趁着現在雙方都買我的賬，最好左右逢源，最後無論誰勝誰負，都有我的好處。
他暗暗想着，居然不怎麼擔心了，藉着遊擊將軍的頭銜，從駐朝明軍中請撥了200營兵，以談判爲名整日穿梭往來南原和釜山兩軍營壘，按今天的話說，叫雙面間諜。他這番舉動雖然巧妙，在朝鮮沒人識得破，奈何楊方亨在朝廷裏早把他給交待了，不出一個月，京裏的錦衣衛來到朝鮮平壤，徑直找到明軍總督府，將批捕公文在邢玠面前一遞，邢玠看過公文冷哼一聲：“早知這廝不是好人，去，到王京找麻提督，讓他把沈惟敬捉拿歸案！”
麻貴在王京接到駐守南原的明軍情報，說日本頻繁調動，可能有開戰的企圖，希望派兵增援，麻貴雖然非常重視，苦於主力尚未到達，手中無兵可派，沒奈何，只得和柳成龍商量，最後派全羅道兵使李福男帶700朝鮮兵去南原，雖然不濟，好歹也是數百條漢子，以壯南原明軍聲勢。
正在心中煩躁時，接到邢玠要求逮捕沈惟敬的書信，他不由大怒，好啊，當前形勢如此緊張，我軍內部居然還有奸細，這還了得！此人深知我軍在朝鮮佈置虛實，須得儘快捉住。當下寫信讓駐守南原的楊元派人去宜寧緝拿沈惟敬，又恐他在當地有勢力，建議以磋商議和事務爲名誘捕。
沈惟敬可不是草包，一聽麻貴請他去王京，馬上意識到出事了，要是邢總督找我也還罷了，這麻貴是什麼人？是和李如松一起平定寧夏哱拜叛亂的鐵桿主戰派啊，找我磋商議和，根本就不可能！再說爲什麼要從南原派人來？聯想這些蛛絲馬跡，心中不由得雪亮，忙笑臉相迎，讓傳信的軍官在廳中稍座，他去後面換件衣服就走。
沈惟敬穿過屋舍，徑直跳窗到了後院，牽過馬衝上大街，向城東釜山方向急馳，欲投奔日本人。候在廳裏的軍官早得了楊元吩咐，不敢大意，這時聽得後院馬蹄聲響，知道跑了要犯，驚怒之下奔出廳門，翻身上馬循聲追了下去。
二人在宜寧城內上演了一出古代版鬧市狂飆，一路上不知踢翻了多少菜攤鋪子，其中驚險自不必說，直追出城外20多裏地，還得數軍官馬術嫺熟，終於追上，一番拳腳比拼將其制服，不一時後面的伴當趕到，衆人將沈惟敬綁了徑去王京歸案。
7月15日夜，日本水軍在九鬼嘉隆的指揮下，突襲朝鮮水軍，日軍以優勢兵力向停泊在漆川島(巨濟島北端西)的朝鮮水軍實行水陸夾攻。接替李舜臣的朝將元均剛愎自用，根本沒做好戰爭的準備，倉皇結陣，被圍困三四重，戰船盡被燒燬，士卒焚溺殆盡，元均本人也在逃跑中被日船發炮打死。閒山等島嶼盡被日軍佔領。
閒山島在朝鮮西海口，右障南原，爲全羅外藩。閒山被佔，頓失屏藩，不僅使日軍可以直入朝鮮，也可以直窺明的天津、登萊。佔領閒山之後，日軍控制了海上通道，開始在陸地上急不可待地發起進攻。
右路以加藤清正爲先鋒，主將爲毛利輝元(輝元不久因病回國，由養子秀元接替職務)，總兵力約64300人；左路以小西行長爲先鋒，宇喜多秀家爲主將，總兵力約49600人，總大將爲豐臣秀吉的義子小早川秀秋。
小西行長一軍相繼佔領泗川、南海、光州。日軍沿途劫掠殺戮，慘不忍睹。日從軍僧慶念在其《朝鮮日記》中，對日軍的暴行做了詳細記載：“沿途凡見白衣者，不論老幼盡皆斬首，其慘狀任何地獄圖中亦難以見到”。
兩支部隊以鉗形攻勢猛撲朝鮮全羅、忠清二道，明朝上層的和平想法在日軍大舉進攻面前徹底破滅了，與虎謀皮終成笑柄，一場慘烈的大戰，即將拉開帷幕。